Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

I BROKED IT ALL

Tweak Actuators/Sensors code

Actuators stores an extra data point.
Actuators must be initialised to a value.
Replaced thresholds with a sanity function for sensors.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

fix some crap

Add pressure sensors

Untested on BBB

Automatic commit of irc logs

Fix id bounds check for actuator + update graph code

I dunno, graph code seems to work... too tired to continue.

Merge pull request #58 from Callum-/master

Dilatometer test function

Finished test function

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Rename help/data file + fix the sidebar width

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Automatic commit of irc logs

Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

Add dedicated page for graphing stuff

Needs work. Would probably make professional web developers cry.
Can plot things. Can set time ranges to plot. Can plot things vs other things.
Seems to work.

The Actuator data needs to include 2 points every time it changes so that the
fact that it is stepping discretely instead of linearly changing is apparent.

Also data to plot can probably be updated rather than recreated every time.
(Unless the variables to plot are changed).

Lastly, it would be good if things maintained their colours.

Someone *cough* should make the radio boxes and check boxes suitably stylish.

Remove old lock/release cases from control.c + hopefully silence warnings on 64 bit compilers for True_Stub

Those lock/release cases were a login loophole, woops...

=================================================================
control.c:61:11: warning: variable 'desired_mode' is used uninitialized whenever
      'if' condition is true [-Wsometimes-uninitialized]
        else if (!strcmp(action, "release")) {
                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
control.c:77:6: note: uninitialized use occurs here
        if (desired_mode == CONTROL_START) {
            ^~~~~~~~~~~~
control.c:61:7: note: remove the 'if' if its condition is always false
        else if (!strcmp(action, "release")) {
             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
control.c:38:2: note: variable 'desired_mode' is declared here
        ControlModes desired_mode;
        ^
====================================================================

Why, thank you clang :P

@brief, not @purpose

Minor formatting changes to justin's webpages.

Ah, the wonder that is netbeans :P

Okay, so notepad++ is pretty good to, and doesn't use 300mb of ram...

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Merge pull request #57 from justinjessada/master

Added data download page and help page (plus dummy files)

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Formatting changes

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Added data download page and help page (plus test files)

Help page is basically complete and just links to the wiki. Data
download page is kind of working, depends how/where we're actually going
to store experiment data. Folder of dummy files in "current" is just for
testing the download functionality.

Automatic commit of irc logs

simple test function

Automatic commit of irc logs

Refactor Actuators

Done fairly similar to Sensors now. Included the LED test and a new test that just writes to a file.
`tail -f` the file and change the control to see how Actuator_Loop automagically does its job.

New features / Notes:
 - ActuatorControl is a simple step increase (not just a single value) which Actuator_Loop automatically follows
   - That required very small changes :)
 - Control_Handler no longer checks for key (since that's passed as a cookie)
   - Will want to look at preventing different users from stopping an experiment in progress (by preventing them from logging in entirely?)
   - Will probably want to look at implementing "admin" and "regular" users, or at least providing the basis for it in the server
 - Can change sensor sampling rate through api
   - May want to look at implementing an "average over time period" to reduce the load on the client
     - eg: Sensor records at a sampling rate << 1s, but only records a DataPoint (average) every second
 - Actuators have a Sanity Check function; do something similar for Sensors?
   - Will want to look at safety stuff more carefully, since at the moment things just call "Fatal"
     - This should in turn call "Cleanup" which should in turn deinitialise any active Sensors/Actuators
     - Perhaps we need "Fatal" and "Reset" to give different return codes, and then ./run.sh will restart depending on the return code

Looking at getting values plotted against values (instead of time).
  - For each time stamp on the dependent variable, take the independent variable with time stamps between it and the next, then average
    - Seems reasonable, not sure whether to do in server or client though, will write something to test the algorithm first.

Things are getting there, but still a lot to do.

I just realised I temporarily uncommented security in fastcgi.c
... It's a good thing the system still hasn't been deployed, because I can't be bothered changing it back at the moment.

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Make Piped work better

Really, please never use Piped, I'm just having fun with it.

MAJOR refactoring of Sensors code

Will probably get in trouble for this...

Abstracted out the threaded sensor control logic from the actual initialisation/reading/cleanup of sensors.
Adding a new sensor to the program still isn't just a one line process, but it's a lot more general than before.

Added test sensors for the strain gauges, total CPU usage (because that seemed interesting)

Went a bit insane with power and added a "Piped" sensor type which lets people run external programs for the sensors :S
(As long as it prints doubles to stdout and is unbuffered it will work).

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image fix for bbb

Make it actually compile...

Whoops.

Um, the fatal error on the strain gauges occurs after a couple of seconds.
Need to think more carefully about that.

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ARGH

Add flot plot to styles

Apparently it's not needed, but whatever

Various changes

Bug fix in Sensor_CheckData (incorrect format ordering caused segfault if a bad value was found)
Added in UWA LDAP auth to parameters file (commented out)

Presumably someone else edited stream.c and didn't commit (Jeremy?)

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Merge pull request #56 from jtanx/master

update gui (update system diagram + header)

re-enable strain graph on control page

change sbd + header

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Add navigation menu

Merge pull request #55 from jtanx/master

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Merge pull request #54 from Callum-/master

Dilatometer

slight changes

Dilatometer stuff. Incomplete.

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*really* remove all refs to unused lut

Merge pull request #53 from jtanx/master

Bugfix for pin code

Bugfix for pin code and remove unused luts

Automatic commit of irc logs

Prevent multiple additions of the same pin type

Update gui

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Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Add user friendly names (right now just usernames)

Merge pull request #52 from jtanx/master

Add working login to gui, add install scripts for server-configs

Fix login timeout bug & standardize FCGI_*Control functions

Automatic commit of irc logs

Ensure control key is not empty before checking for equality.

Integrate gui login with server code

Auto-redirect if logged in (at login page). Auto-redirect if logged-out.

Add logout functionality

Add js behind login form

Restyle login page

Remove misleading bounds check

(1) Length of user is not guaranteed (and in this case definitely < BUFSIZ)
(2) Because of (1), a buffer overflow is possible anyway
(3) Sure, a BUFSIZ limit will prevent an 'infinite' loop, but this may just make it more difficult to track down the buffer overflow.

Merge pull request #49 from RowanHeinrich/patch-5

Create Cover-Rowan

Merge pull request #50 from RowanHeinrich/patch-6

Create comments

Make install script for server configs

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Work on Authentication System(s)

Login_Handler can currently use one of two methods. LDAP, or unix style authentication.

Unix style authentication parses a file formatted like /etc/shadow. Yeah, you can use /etc/shadow... our program is already running as root anyway :S
LDAP style authentication attempts to bind to an LDAP server.

If Authentication is successful, the key generated by FCGI_LockControl is passed to the browser as a cookie.

In the FCGI_Loop function, we check for a valid key in the cookies.

I've tested LDAP using a LDAP server I setup on my laptop.
We may have issues formatting the DN correctly, but other than that it's fine.

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Merge pull request #1 from RowanHeinrich/patch-4

Patch 4

Whoa first pull request to my on repo

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420

Commence work on authentication

Add ldap login test program

Looks like this will actually be easier than rolling our own login system.

Merge pull request #51 from jtanx/master

Cookie stuff and log path fixed

Add cookie stuff

fix nginx config to only match the log paths exactly

Create comments

Create Cover-Rowan

Currently theres no styles or pictures included in this but there will be eventually

Create Login-Rowan

only just realised there one in git

Merge pull request #48 from jtanx/master

Switch nginx to ssl + small update to pin test page

Update nginx to use SSL

Only delete logs after 100 years

Use logrotate to rotate the logs everytime it starts

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Ensure error log tries to update even on failure

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fix buttons

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Fix GPIO limits

Merge pull request #47 from jtanx/master

pintest cleanup