Commit before breaking everything
[matches/honours.git] / thesis / thesis.log
diff --git a/thesis/thesis.log b/thesis/thesis.log
new file mode 100644 (file)
index 0000000..53c7e24
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,759 @@
+This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.10 (TeX Live 2009/Debian) (format=pdflatex 2012.8.19)  16 OCT 2012 17:08
+entering extended mode
+ %&-line parsing enabled.
+**thesis
+(./thesis.tex
+LaTeX2e <2009/09/24>
+Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
+yphenation, loaded.
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/report.cls
+Document Class: report 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/size12.clo
+File: size12.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
+)
+\c@part=\count79
+\c@chapter=\count80
+\c@section=\count81
+\c@subsection=\count82
+\c@subsubsection=\count83
+\c@paragraph=\count84
+\c@subparagraph=\count85
+\c@figure=\count86
+\c@table=\count87
+\abovecaptionskip=\skip41
+\belowcaptionskip=\skip42
+\bibindent=\dimen102
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/setspace/setspace.sty
+Package: setspace 2000/12/01 6.7 Contributed and Supported LaTeX2e package
+
+Package: `setspace' 6.7 <2000/12/01>
+) (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/makeidx.sty
+Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphicx.sty
+Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/keyval.sty
+Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
+\KV@toks@=\toks14
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphics.sty
+Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/trig.sty
+Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
+)
+(/etc/texmf/tex/latex/config/graphics.cfg
+File: graphics.cfg 2009/08/28 v1.8 graphics configuration of TeX Live
+)
+Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
+File: pdftex.def 2010/03/12 v0.04p Graphics/color for pdfTeX
+\Gread@gobject=\count88
+))
+\Gin@req@height=\dimen103
+\Gin@req@width=\dimen104
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption.sty
+Package: caption 2009/10/09 v3.1k Customizing captions (AR)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption3.sty
+Package: caption3 2009/10/09 v3.1k caption3 kernel (AR)
+\captionmargin=\dimen105
+\captionmargin@=\dimen106
+\captionwidth=\dimen107
+\caption@indent=\dimen108
+\caption@parindent=\dimen109
+\caption@hangindent=\dimen110
+)
+\c@ContinuedFloat=\count89
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/rotating/rotating.sty
+Package: rotating 2009/03/28 v2.16a rotated objects in LaTeX
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/ifthen.sty
+Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
+)
+\c@r@tfl@t=\count90
+\rotFPtop=\skip43
+\rotFPbot=\skip44
+\rot@float@box=\box26
+\rot@mess@toks=\toks15
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/lscape.sty
+Package: lscape 2000/10/22 v3.01 Landscape Pages (DPC)
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/verbatim.sty
+Package: verbatim 2003/08/22 v1.5q LaTeX2e package for verbatim enhancements
+\every@verbatim=\toks16
+\verbatim@line=\toks17
+\verbatim@in@stream=\read1
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsmath.sty
+Package: amsmath 2000/07/18 v2.13 AMS math features
+\@mathmargin=\skip45
+
+For additional information on amsmath, use the `?' option.
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amstext.sty
+Package: amstext 2000/06/29 v2.01
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsgen.sty
+File: amsgen.sty 1999/11/30 v2.0
+\@emptytoks=\toks18
+\ex@=\dimen111
+))
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsbsy.sty
+Package: amsbsy 1999/11/29 v1.2d
+\pmbraise@=\dimen112
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsopn.sty
+Package: amsopn 1999/12/14 v2.01 operator names
+)
+\inf@bad=\count91
+LaTeX Info: Redefining \frac on input line 211.
+\uproot@=\count92
+\leftroot@=\count93
+LaTeX Info: Redefining \overline on input line 307.
+\classnum@=\count94
+\DOTSCASE@=\count95
+LaTeX Info: Redefining \ldots on input line 379.
+LaTeX Info: Redefining \dots on input line 382.
+LaTeX Info: Redefining \cdots on input line 467.
+\Mathstrutbox@=\box27
+\strutbox@=\box28
+\big@size=\dimen113
+LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OML on input line 567.
+LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OMS on input line 568.
+\macc@depth=\count96
+\c@MaxMatrixCols=\count97
+\dotsspace@=\muskip10
+\c@parentequation=\count98
+\dspbrk@lvl=\count99
+\tag@help=\toks19
+\row@=\count100
+\column@=\count101
+\maxfields@=\count102
+\andhelp@=\toks20
+\eqnshift@=\dimen114
+\alignsep@=\dimen115
+\tagshift@=\dimen116
+\tagwidth@=\dimen117
+\totwidth@=\dimen118
+\lineht@=\dimen119
+\@envbody=\toks21
+\multlinegap=\skip46
+\multlinetaggap=\skip47
+\mathdisplay@stack=\toks22
+LaTeX Info: Redefining \[ on input line 2666.
+LaTeX Info: Redefining \] on input line 2667.
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amscls/amsthm.sty
+Package: amsthm 2004/08/06 v2.20
+\thm@style=\toks23
+\thm@bodyfont=\toks24
+\thm@headfont=\toks25
+\thm@notefont=\toks26
+\thm@headpunct=\toks27
+\thm@preskip=\skip48
+\thm@postskip=\skip49
+\thm@headsep=\skip50
+\dth@everypar=\toks28
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
+Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
+Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
+\symAMSa=\mathgroup4
+\symAMSb=\mathgroup5
+LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
+(Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
+))
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/jknapltx/mathrsfs.sty
+Package: mathrsfs 1996/01/01 Math RSFS package v1.0 (jk)
+\symrsfs=\mathgroup6
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
+Package: hyperref 2009/10/09 v6.79a Hypertext links for LaTeX
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
+Package: ifpdf 2009/04/10 v2.0 Provides the ifpdf switch (HO)
+Package ifpdf Info: pdfTeX in pdf mode detected.
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
+Package: ifvtex 2008/11/04 v1.4 Switches for detecting VTeX and its modes (HO)
+Package ifvtex Info: VTeX not detected.
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
+Package: ifxetex 2009/01/23 v0.5 Provides ifxetex conditional
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/hycolor.sty
+Package: hycolor 2009/10/02 v1.5 Code for color options of hyperref/bookmark (H
+O)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/xcolor-patch.sty
+Package: xcolor-patch 2009/10/02 xcolor patch
+))
+\@linkdim=\dimen120
+\Hy@linkcounter=\count103
+\Hy@pagecounter=\count104
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
+File: pd1enc.def 2009/10/09 v6.79a Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/etexcmds.sty
+Package: etexcmds 2007/12/12 v1.2 Prefix for e-TeX command names (HO)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
+Package: infwarerr 2007/09/09 v1.2 Providing info/warning/message (HO)
+)
+Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
+(etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
+(etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
+(etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/latexconfig/hyperref.cfg
+File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
+Package: kvoptions 2009/08/13 v3.4 Keyval support for LaTeX options (HO)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/kvsetkeys.sty
+Package: kvsetkeys 2009/07/30 v1.5 Key value parser with default handler suppor
+t (HO)
+))
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 2975.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 2980.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 2983.
+Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 2990.
+Package hyperref Info: Backreferencing OFF on input line 2995.
+
+Implicit mode ON; LaTeX internals redefined
+Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 3191.
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ltxmisc/url.sty
+\Urlmuskip=\muskip11
+Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
+)
+LaTeX Info: Redefining \url on input line 3428.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/bitset.sty
+Package: bitset 2007/09/28 v1.0 Data type bit set (HO)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/intcalc.sty
+Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable integer calculations (HO)
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/bigintcalc.sty
+Package: bigintcalc 2007/11/11 v1.1 Expandable big integer calculations (HO)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/pdftexcmds.sty
+Package: pdftexcmds 2009/09/23 v0.6 LuaTeX support for pdfTeX utility functions
+ (HO)
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifluatex.sty
+Package: ifluatex 2009/04/17 v1.2 Provides the ifluatex switch (HO)
+Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
+)
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ltxcmds.sty
+Package: ltxcmds 2009/08/05 v1.0 Some LaTeX kernel commands for general use (HO
+)
+)
+Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
+Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
+Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
+)))
+\Fld@menulength=\count105
+\Field@Width=\dimen121
+\Fld@charsize=\dimen122
+\Field@toks=\toks29
+Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4377.
+Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4382.
+Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4385.
+Package hyperref Info: backreferencing OFF on input line 4392.
+Package hyperref Info: Link coloring OFF on input line 4397.
+Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 4402.
+Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 4407.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/atbegshi.sty
+Package: atbegshi 2008/07/31 v1.9 At begin shipout hook (HO)
+)
+\Hy@abspage=\count106
+\c@Item=\count107
+\c@Hfootnote=\count108
+)
+*hyperref using default driver hpdftex*
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
+File: hpdftex.def 2009/10/09 v6.79a Hyperref driver for pdfTeX
+\Fld@listcount=\count109
+)
+\c@theorem=\count110
+\c@example=\count111
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/fancyhdr/fancyheadings.sty
+Package: fancyheadings 2008/02/04 1.99 Dummy package to call fancyhdr
+
+
+Package fancyheadings Warning: Please stop using fancyheadings!
+(fancyheadings)                Use fancyhdr instead.
+(fancyheadings)                We will call fancyhdr with the very same
+(fancyheadings)                options you passed to fancyheadings.
+(fancyheadings)                
+(fancyheadings)                fancyhdr is 99 percent compatible with
+(fancyheadings)                fancyheadings. The only incompatibility is
+(fancyheadings)                that \headrulewidth and \footrulewidth and
+(fancyheadings)                their \plain... versions are no longer length
+(fancyheadings)                parameters, but normal macros (to be changed
+(fancyheadings)                with \renewcommand rather than \setlength)..
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
+\fancy@headwidth=\skip51
+\f@ncyO@elh=\skip52
+\f@ncyO@erh=\skip53
+\f@ncyO@olh=\skip54
+\f@ncyO@orh=\skip55
+\f@ncyO@elf=\skip56
+\f@ncyO@erf=\skip57
+\f@ncyO@olf=\skip58
+\f@ncyO@orf=\skip59
+))
+No file thesis.aux.
+\openout1 = `thesis.aux'.
+
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 73.
+LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/context/base/supp-pdf.mkii
+[Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
+\scratchcounter=\count112
+\scratchdimen=\dimen123
+\scratchbox=\box29
+\nofMPsegments=\count113
+\nofMParguments=\count114
+\everyMPshowfont=\toks30
+\MPscratchCnt=\count115
+\MPscratchDim=\dimen124
+\MPnumerator=\count116
+\everyMPtoPDFconversion=\toks31
+)
+Package caption Info: Begin \AtBeginDocument code.
+Package caption Info: hyperref package is loaded.
+Package caption Info: rotating package is loaded.
+Package caption Info: End \AtBeginDocument code.
+Package hyperref Info: Link coloring OFF on input line 73.
+ (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/nameref.sty
+Package: nameref 2007/05/29 v2.31 Cross-referencing by name of section
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/refcount.sty
+Package: refcount 2008/08/11 v3.1 Data extraction from references (HO)
+)
+\c@section@level=\count117
+)
+LaTeX Info: Redefining \ref on input line 73.
+LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 73.
+ (./thesis.out)
+(./thesis.out)
+\@outlinefile=\write3
+\openout3 = `thesis.out'.
+
+\AtBeginShipoutBox=\box30
+\openout2 = `titlepage/Titlepage.aux'.
+
+ (./titlepage/Titlepage.tex
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 8.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
+File: umsa.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols A
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 8.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
+File: umsb.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols B
+)
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+rsfs on input line 8.
+
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/jknapltx/ursfs.fd
+File: ursfs.fd 1998/03/24 rsfs font definition file (jk)
+) [1
+
+
+{/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}])
+\openout2 = `acknowledgments/Acknowledgments.aux'.
+
+ (./acknowledgments/Acknowledgments.tex)pdfTeX warning (ext4): destination with
+ the same identifier (name{page.1}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.79 \include{acknowledgments/Acknowledgments}
+                                                 % This is who you thank
+[1
+
+
+
+]
+\openout2 = `abstract/Abstract.aux'.
+
+ (./abstract/Abstract.texpdfTeX warning (ext4): destination with the same ident
+ifier (name{page.1}) has been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.3 \end{abstract}
+                   [1
+
+
+])
+\tf@toc=\write4
+\openout4 = `thesis.toc'.
+
+ [1
+
+
+]
+\openout2 = `chapters/Introduction.aux'.
+
+ (./chapters/Introduction.tex
+Chapter 1.
+
+LaTeX Warning: Citation `pfund1930' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `pfund1933' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `pfund1930' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `pfund1933' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `harris1948' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `harris1952' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `harris1953' on page 1 undefined on input line 10.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `mckenzie2006' on page 1 undefined on input line 16.
+
+pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{page.1}) has 
+been already used, duplicate ignored
+<to be read again> 
+                   \relax 
+l.26 S
+      ondergaard et al. have produced metallic-black surfaces capable of sup...
+[1
+
+
+]
+
+LaTeX Warning: Citation `sondergaard2012' on page 2 undefined on input line 26.
+
+
+
+Overfull \hbox (0.64311pt too wide) in paragraph at lines 29--30
+[]\OT1/cmr/m/n/12 This project will em-ploy sev-eral tech-niques, in-clud-ing:T
+otal Cur-rent Specroscopy;
+ []
+
+) [2]
+\openout2 = `chapters/Theory.aux'.
+
+ (./chapters/Theory.tex
+Chapter 2.
+) [3
+
+
+
+]
+\openout2 = `chapters/Techniques.aux'.
+
+ (./chapters/Techniques.tex
+Chapter 3.
+
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file ./figures/tcs_simple.pdf): PDF inclusion: found 
+PDF version <1.5>, but at most version <1.4> allowed
+<figures/tcs_simple.pdf, id=40, 448.18913pt x 266.13362pt>
+File: figures/tcs_simple.pdf Graphic file (type pdf)
+
+<use figures/tcs_simple.pdf>
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 14.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `tcs_simple.pdf' on page 4 undefined on input line 18.
+
+
+
+LaTeX Warning: Reference `' on page 4 undefined on input line 19.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 4 undefined on input line 20.
+
+[4
+
+
+
+ <./figures/tcs_simple.pdf>]
+
+LaTeX Warning: Reference `' on page 5 undefined on input line 29.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 5 undefined on input line 34.
+
+[5]
+
+LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 6 undefined on input line 56.
+
+[6]
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file /home/sam/Documents/University/honours/thesis/fi
+gures/ellipsometry_measurement.pdf): PDF inclusion: found PDF version <1.5>, bu
+t at most version <1.4> allowed
+
+</home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measurement
+.pdf, id=85, 386.54878pt x 212.12474pt>
+File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measur
+ement.pdf Graphic file (type pdf)
+
+<use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measure
+ment.pdf>
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 79.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `' on page 7 undefined on input line 83.
+
+[7 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measurem
+ent.pdf>]
+
+LaTeX Warning: Citation `woolam2000' on page 8 undefined on input line 104.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `oates2011' on page 8 undefined on input line 104.
+
+
+</home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png, id=103
+, 933.4875pt x 492.84125pt>
+File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png Gr
+aphic file (type png)
+
+<use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png>
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 116.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+
+Overfull \hbox (39.95128pt too wide) in paragraph at lines 112--116
+ [] 
+ []
+
+
+LaTeX Warning: Citation `woolam1999' on page 8 undefined on input line 116.
+
+
+LaTeX Warning: Citation `woolam1999' on page 8 undefined on input line 116.
+
+) [8 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png (P
+NG copy)>]
+\openout2 = `chapters/Results.aux'.
+
+ (./chapters/Results.tex
+Chapter 4.
+
+LaTeX Warning: Reference `SEM_images' on page 9 undefined on input line 6.
+
+) [9
+
+
+
+]
+\openout2 = `chapters/Conclusion.aux'.
+
+ (./chapters/Conclusion.tex
+Chapter 5.
+) [10
+
+
+
+]
+No file thesis.bbl.
+\openout2 = `appendices/electron_optics.aux'.
+
+(./appendices/electron_optics.tex
+
+LaTeX Warning: Reference `egun_simulation1.pdf' on page 11 undefined on input l
+ine 6.
+
+[11
+
+
+
+]
+
+LaTeX Warning: Reference `tcs_theory1' on page 12 undefined on input line 35.
+
+[12]
+
+Package hyperref Warning: Difference (2) between bookmark levels is greater 
+(hyperref)                than one, level fixed on input line 42.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `egun_simulation1.pdf' on page 13 undefined on input l
+ine 44.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `egun_simulation2.pdf' on page 13 undefined on input l
+ine 44.
+
+
+LaTeX Warning: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/egun
+_simulation1.pdf' not found on input line 47.
+
+
+! Package pdftex.def Error: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis
+/figures/egun_simulation1.pdf' not found.
+
+See the pdftex.def package documentation for explanation.
+Type  H <return>  for immediate help.
+ ...                                              
+                                                  
+l.47 ...nours/thesis/figures/egun_simulation1.pdf}
+                                                  
+? 
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 49.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+
+LaTeX Warning: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/egun
+_simulation2.pdf' not found on input line 51.
+
+
+! Package pdftex.def Error: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis
+/figures/egun_simulation2.pdf' not found.
+
+See the pdftex.def package documentation for explanation.
+Type  H <return>  for immediate help.
+ ...                                              
+                                                  
+l.51 ...nours/thesis/figures/egun_simulation2.pdf}
+                                                  
+? 
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 52.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+[13])
+\openout2 = `appendices/electron_gun_circuit.aux'.
+
+ (./appendices/electron_gun_circuit.tex
+
+LaTeX Warning: Reference `electron_gun.pdf' on page 14 undefined on input line 
+4.
+
+LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMS+cmr on input line 7.
+(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/omscmr.fd
+File: omscmr.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
+)
+LaTeX Font Info:    Font shape `OMS/cmr/m/n' in size <12> not available
+(Font)              Font shape `OMS/cmsy/m/n' tried instead on input line 7.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `tcs_theory1' on page 14 undefined on input line 13.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `' on page 14 undefined on input line 14.
+
+[14
+
+
+
+]
+
+LaTeX Warning: Reference `tcs' on page 15 undefined on input line 32.
+
+
+LaTeX Warning: Reference `' on page 15 undefined on input line 32.
+
+[15]
+
+pdfTeX warning: pdflatex (file /home/sam/Documents/University/honours/thesis/fi
+gures/electron_gun.pdf): PDF inclusion: found PDF version <1.5>, but at most ve
+rsion <1.4> allowed
+
+</home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf, id=159
+, 673.05371pt x 509.27765pt>
+File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf Gr
+aphic file (type pdf)
+
+<use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf>
+
+Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
+(caption)                particular \caption on input line 44.
+See the caption package documentation for explanation.
+
+[16
+
+ </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf>]
+[17]) (./thesis.aux (./titlepage/Titlepage.aux)
+(./acknowledgments/Acknowledgments.aux) (./abstract/Abstract.aux)
+(./chapters/Introduction.aux) (./chapters/Theory.aux)
+(./chapters/Techniques.aux) (./chapters/Results.aux) (./chapters/Conclusion.aux
+) (./appendices/electron_optics.aux) (./appendices/electron_gun_circuit.aux))
+
+LaTeX Warning: There were undefined references.
+
+
+LaTeX Warning: Label(s) may have changed. Rerun to get cross-references right.
+
+ ) 
+Here is how much of TeX's memory you used:
+ 6552 strings out of 495061
+ 95842 string characters out of 1182621
+ 169079 words of memory out of 3000000
+ 9489 multiletter control sequences out of 15000+50000
+ 18441 words of font info for 72 fonts, out of 3000000 for 9000
+ 28 hyphenation exceptions out of 8191
+ 38i,14n,45p,686b,465s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
+</usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbx10.pfb></usr/sha
+re/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbx12.pfb></usr/share/texmf-te
+xlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmex10.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts
+/type1/public/amsfonts/cm/cmmi12.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/publ
+ic/amsfonts/cm/cmmi6.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/
+cm/cmmi8.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmib10.p
+fb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb></usr/sha
+re/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr12.pfb></usr/share/texmf-tex
+live/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr17.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/t
+ype1/public/amsfonts/cm/cmr6.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/a
+msfonts/cm/cmr7.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cm
+r8.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></us
+r/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy8.pfb></usr/share/texm
+f-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmti12.pfb></usr/share/texmf-texlive/f
+onts/type1/public/amsfonts/cm/cmtt12.pfb>
+Output written on thesis.pdf (21 pages, 317169 bytes).
+PDF statistics:
+ 244 PDF objects out of 1000 (max. 8388607)
+ 52 named destinations out of 1000 (max. 500000)
+ 21 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
+

UCC git Repository :: git.ucc.asn.au