Cleaning up files

Major revamp to FAT code, fixing LFN issues and other bugs
Notable changes:
- LFN now caches per entry (resolving multiple read issue)
- Fixed a bug in FAT12 non-cached FAT reads
- Cleaned up the code and reduced the number of memcpys in FAT_Read

Bit of debug cleanup, fixing bugs found on GrUB2
- NOTE: Grub 2 does not pass the kernel binary path in the command line
  Hence, the argc code breaks in system.c
- Starting on a RTL8139 driver
- Fixed logging/debug calls to use \r\n, fixing serial debugging

More MP fiddling

More MP work (now APs start and use the LAPIC timer)

Adding support for the Local APIC Timer (requires some hacks)

APs start nicely now.
TODO: Get APIC timers working

Working on multiprocessing support
- Also some cleanup in other parts

Fiddling with usermode PCI dump

Does help if the biggest offender is actually a #if DEBUG'ed

ATA Debug was getting annoying

Cleaning up some old code

Disabled ELF debugging

Fixing binary loader bugs relating to page sizes

ATA Fixes, Module compilation fixups
- Working on getting the InitRD working again
- Also, I shouldn't blame stable code for bugs (elf loader was blamed
  for issued arising from the module compilation)
- Also been slightly fiddling with the IPStack code

Fiddling with ATA driver to try and fix RHW issues

Cleaning up a bit

Cleaning up some debug, fixing cosmetic bugs in usermode apps

And the same for udivdi3, [TPG]: you are a ning-nong

Nice job, making umoddi3 call umoddi3 in the usermode stuff :(

Increased user stack size, fiddling with error recovery
- Also, next time use 0x1000, not 4069 (as opposed to 4096)

Fiddling with multiboot modules (and some bug searching in ATA code)

Cleaning up a little, and possibly a speed increase

Commenting is nice (also disabled debug in FDD driver)

Fixing handling of Multiboot modules

Enabled heaps of debug in ATA driver to try and solve Qemu issue

Fiddling with VESA cursor, cleaning up VESA and VTerm

Disabled KPanic mode switch, cleanup in 64-bit PMM

Added current time syscall, commented some others

Fiddling with default config

Forgot common.h for NTFS

Fixed potential coherency bug in timer code

Working on NTFS driver more (currently debug only, and untested)

Added a check to the FDD driver to disable it at runtime

Attempt to fix multiboot module support

committing partial fixup to ATA code
- Been cleaning up to try and fix read bug (only first read actually works)

Bugfix to debug code (fixing usage of va_args)

VESA cursor now works, TODO: Allow setting of colour

Cleaning up timer code, implementing cursor in vesa
- fixed the usermode 64-bit div bug

Trying to fix the string corruption bug, working on NTFS driver

Working on a NTFS implementation (it's only going to be RO)

Division bug hidden, now only shows when 64-bit division is needed

Misc debug to fix a printf bug, traced the bug to 64-bit division code

Fixing a kernel #PF caused by an unitialised VFS method

Removed debug statement, not needed anymore

Fixing behavior of Threads_CloneTCB
- Also removed the SMP CPU number hack in x86, now uses the TSS trick

Cleaning up and attempting to fix these darn heisenbugs

Fixed some edge cases in heap where the spinlock was not releases

Slight changes to PCI driver to clean up code

Reworked part of the PCI driver to better allow PCI bridges

Fixed #PF in Memory Manager (mm_virt.h was using KERNEL_BASE as a prefix)

Fixed the EnvP array passed to Proc_StartUser not being NULL terminated

Removed debug in module loader, shortened the length of the logging timestamps

no more debug plz

VESA scrolling bug fixed (caused by the removal of memcpyd)

It's been too long since I committed
- Mostly fixes to bugs exposed/caused by the 64-bit port or the new
  compiler.

Bugfixing
- Fixing bug in module loader with x86_64
- Fixed debug reusing a va_list

More 32-bit int fixes

Darn defaulting to 32-bit integers :(

Speedups to physical memory allocation, fixed a stupid error in the
stack moving code

New kernel stack, fixing pmem alloc bug, updated to maintain free page positions
- Misc changes in other places

Yay! TSS issues fixed, now to work on the VMM

Fixed GCC using sse instructions, fixing TSS support (and removed using
the TSS as a data segment in GetCPUNum

Disabled debug in PMM, and fixed error in #UD reporting

Fixed heap bug

Fixed bug with physical memory allocation, update MM_Allocate to check mapping before allocating.

Added page table dump and using INVPLG

Cleaning up and adding page fault handler

Updated mm_phys to use Debug statements instead of Log()

Changed build system to not require calc
- Also made separate build counts for each arch
- changed the OBJDUMP variable to DISASM to allow better interoperability

Fixed typo, cleaned up stuff

Fun bugs are fun, fixed MM_AllocPhysRange, now for more fun

Physical page counts are now filled

Chicken and egg problem, solved

Now with less fail

Bitmap filling done

Nearly completed physical init

Untested work on physical mm setup

Fixes to 64-bit port, now working on physical memory allocation

More work on error and interrupt handling (almost got it working)
- Note: Need to fix gdt to fix entry 0x10

More work on x86_64 build, error handling and IDT

Working on 64-bit IDT

x86_64 starts without erroring, reaches high mem and full 64-bit

x86_64 now compiles and builds :) :)

VM8086 stub for x86_64 build

Bugfixing

Work on ext2

More work on Ext2 write (and fixed an error made earlier)

Working on UDI support

slight change to memory map

Update to tVFS_Node to support hard links

Working on mem management

Added architectue documentation
- also added a fixed typo

Slight memory organisation changes

Updates to CPU Determining and initialising fractal mappings

More work on x86_64 port, near compiling now

More memory management functions implemented, other fixes too

Speedup fix to PUSH_GPR and POP_GPR

Fixed bugs caused by the segregation of timer code.
- Also removed MM_IsUser from x86 and replaced it with MM_GetFlags
- Added Kernel/time.c (I should have added this earlier)

More work on x86_64 port, also cleaned up a little of the API.
- Fixed notices in the GenSyscalls.php script