Refactor Actuators

Done fairly similar to Sensors now. Included the LED test and a new test that just writes to a file.
`tail -f` the file and change the control to see how Actuator_Loop automagically does its job.

New features / Notes:
 - ActuatorControl is a simple step increase (not just a single value) which Actuator_Loop automatically follows
   - That required very small changes :)
 - Control_Handler no longer checks for key (since that's passed as a cookie)
   - Will want to look at preventing different users from stopping an experiment in progress (by preventing them from logging in entirely?)
   - Will probably want to look at implementing "admin" and "regular" users, or at least providing the basis for it in the server
 - Can change sensor sampling rate through api
   - May want to look at implementing an "average over time period" to reduce the load on the client
     - eg: Sensor records at a sampling rate << 1s, but only records a DataPoint (average) every second
 - Actuators have a Sanity Check function; do something similar for Sensors?
   - Will want to look at safety stuff more carefully, since at the moment things just call "Fatal"
     - This should in turn call "Cleanup" which should in turn deinitialise any active Sensors/Actuators
     - Perhaps we need "Fatal" and "Reset" to give different return codes, and then ./run.sh will restart depending on the return code

Looking at getting values plotted against values (instead of time).
  - For each time stamp on the dependent variable, take the independent variable with time stamps between it and the next, then average
    - Seems reasonable, not sure whether to do in server or client though, will write something to test the algorithm first.

Things are getting there, but still a lot to do.

I just realised I temporarily uncommented security in fastcgi.c
... It's a good thing the system still hasn't been deployed, because I can't be bothered changing it back at the moment.

Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

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Make Piped work better

Really, please never use Piped, I'm just having fun with it.

MAJOR refactoring of Sensors code

Will probably get in trouble for this...

Abstracted out the threaded sensor control logic from the actual initialisation/reading/cleanup of sensors.
Adding a new sensor to the program still isn't just a one line process, but it's a lot more general than before.

Added test sensors for the strain gauges, total CPU usage (because that seemed interesting)

Went a bit insane with power and added a "Piped" sensor type which lets people run external programs for the sensors :S
(As long as it prints doubles to stdout and is unbuffered it will work).

Make it actually compile...

Whoops.

Um, the fatal error on the strain gauges occurs after a couple of seconds.
Need to think more carefully about that.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420

ARGH

Add flot plot to styles

Apparently it's not needed, but whatever

Various changes

Bug fix in Sensor_CheckData (incorrect format ordering caused segfault if a bad value was found)
Added in UWA LDAP auth to parameters file (commented out)

Presumably someone else edited stream.c and didn't commit (Jeremy?)

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Merge pull request #56 from jtanx/master

update gui (update system diagram + header)

re-enable strain graph on control page

change sbd + header

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Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Add navigation menu

Merge pull request #55 from jtanx/master

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Merge pull request #54 from Callum-/master

Dilatometer

slight changes

Dilatometer stuff. Incomplete.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

*really* remove all refs to unused lut

Merge pull request #53 from jtanx/master

Bugfix for pin code

Bugfix for pin code and remove unused luts

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Prevent multiple additions of the same pin type

Update gui

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Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Add user friendly names (right now just usernames)

Merge pull request #52 from jtanx/master

Add working login to gui, add install scripts for server-configs

Fix login timeout bug & standardize FCGI_*Control functions

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Ensure control key is not empty before checking for equality.

Integrate gui login with server code

Auto-redirect if logged in (at login page). Auto-redirect if logged-out.

Add logout functionality

Add js behind login form

Restyle login page

Remove misleading bounds check

(1) Length of user is not guaranteed (and in this case definitely < BUFSIZ)
(2) Because of (1), a buffer overflow is possible anyway
(3) Sure, a BUFSIZ limit will prevent an 'infinite' loop, but this may just make it more difficult to track down the buffer overflow.

Merge pull request #49 from RowanHeinrich/patch-5

Create Cover-Rowan

Merge pull request #50 from RowanHeinrich/patch-6

Create comments

Make install script for server configs

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

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Work on Authentication System(s)

Login_Handler can currently use one of two methods. LDAP, or unix style authentication.

Unix style authentication parses a file formatted like /etc/shadow. Yeah, you can use /etc/shadow... our program is already running as root anyway :S
LDAP style authentication attempts to bind to an LDAP server.

If Authentication is successful, the key generated by FCGI_LockControl is passed to the browser as a cookie.

In the FCGI_Loop function, we check for a valid key in the cookies.

I've tested LDAP using a LDAP server I setup on my laptop.
We may have issues formatting the DN correctly, but other than that it's fine.

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Merge pull request #1 from RowanHeinrich/patch-4

Patch 4

Whoa first pull request to my on repo

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420

Commence work on authentication

Add ldap login test program

Looks like this will actually be easier than rolling our own login system.

Merge pull request #51 from jtanx/master

Cookie stuff and log path fixed

Add cookie stuff

fix nginx config to only match the log paths exactly

Create comments

Create Cover-Rowan

Currently theres no styles or pictures included in this but there will be eventually

Create Login-Rowan

only just realised there one in git

Merge pull request #48 from jtanx/master

Switch nginx to ssl + small update to pin test page

Update nginx to use SSL

Only delete logs after 100 years

Use logrotate to rotate the logs everytime it starts

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Ensure error log tries to update even on failure

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fix buttons

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Fix GPIO limits

Merge pull request #47 from jtanx/master

pintest cleanup

update pintest sidebar

Pin test page cleanup

Merge pull request #46 from jtanx/master

gui styles update

Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

Merge with Rowan's changes

Add login test program

So... it essentially mimics what /etc/shadow does. This might be easier than LDAP.

I was going to just use debian's login system, but realised some things:

POSIX C has a bunch of helpful functions that essentially parse /etc/passwd and provide a structure with all the relevant fields, like "pw_passwd".
Of course, the "pw_passwd" entry is always empty... because someone realised that storing hashes of passwords in /etc/passwd was not great :P

So /etc/passwd actually has no password information and is world readable, but /etc/shadow has everything (and is root readable only).
There are no wrapper functions for /etc/shadow because... user space programs aren't really meant to run as root.

Essentially linux was designed so that non-root programs can't fuck about with shell accounts. If you want to fuck about with shell accounts
you have to run as root and manually implement the parsing of /etc/shadow.

But I figured there was nothing stopping us from just making our own "shadow" file with hashed passwords.
That way people don't even need shell accounts. Well... the administrator needs to modify the file somehow...

LDAP probably gives more flexibility. It's probably better. Although it's also bloated.

To test the program, use the login "sonic" and the password "HEDGEHOG" (or something else to test failure).

Remove jQuery-UI

My god that's a lot of cruft

Merge branch 'master' of https://github.com/firefields/MCTX3420

Pull James' version of the GUI

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Conflicts:
testing/MCTXWeb/public_html/static/style.css

Merge Rowan's html code + slightly update styles

Update pintest + fix css

Merge pull request #45 from RowanHeinrich/patch-3

Update style.css

Merge pull request #45 from RowanHeinrich/patch-3

Update style.css

Remove jQuery-UI

My god that's a lot of cruft

Merge branch 'master' of https://github.com/firefields/MCTX3420

Pull James' version of the GUI

Update style.css

Update style.css

Merge pull request #44 from jtanx/master

Update gui + stub code for pin stuff on non BBB platforms

update gui

Automatic commit of irc logs

Merge branch 'master' of https://github.com/jtanx/MCTX3420.git

Automatic commit of irc logs

crappy hacks to disable pin code on x86 platforms while silencing gcc

crappy hacks to disable pin code on x86 platforms while silencing gcc

failing to test before committing :3

failing to test before committing :3

name derp

name derp

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git