Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

Conflicts:
server/control.c

Add define for compiling under RTLinux

Tested on amd64; doesn't really improve sampling consistency over vanilla.
But whatever.

Merge pull request #59 from jtanx/master

Control updates and stuff

Somewhat done control page
Todo: Add in values for sensors

One problem is that we don't distinguish between the
whole 'strain' vs 'explode' experiment, and you can
pretty much set the pressure to whatever you like.

That should probably be changed??

Blegh javascript.

Fix another graph bug + some more work on control page

add back check

Use experiment folders instead of chdir

Increase precision of timestamps

Since we have nanosecond resolution. Theoretically.

fix fix fix

Change from usleep and gettimeofday to clock_nanosleep and clock_gettime

Requires -std=gnu99 instead of -std=c99

Fix brackets

Fix two bugs in mctx.gui.js ++

Get most of the stuff down for controls

Automatic commit of irc logs

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Sort of make a start on control page
Refactor other stuff in gui
although this will probably be erased anyway

Add python based GUI as proof of concept

Uses matplotlib.pyplot, numpy and requests
Interfaces with existing server API.

Could potentially be expanded using Tkinter or something.
TKinter won't look as pretty as a jQuery GUI though.

Also I have no idea how cookies work with requests.
At the moment you have to disable the login check in fastcgi.c to test this.

Automatic commit of irc logs

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Allow only one camera on at a time.

This fixes a crash if both cameras are activated at once.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420

Modify image capture routine

Automatic commit of irc logs

Automatic commit of irc logs

Automatic commit of irc logs

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Work on user based control

Test file shadow (password matches username *cough*) for login purposes.

When a user gains FCGI_LockControl, a directory is created (if it doesn't exist).
Control_Handler will operate from the directory of the currently logged in user.

The user who owns the currently running experiment must match a user who wants to control it.
Alternately an administrator can pass "force"

Consider generalising this to also apply to actuators (since any user can change the actuator control :S).

Also it's horribly messy and terrible and all in the Control_Handler at the moment.

FCGI_Context should probably store a lot of the information that the g_controls structure is storing at the moment? Merge/replace?

add crappy download link (not really)

Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

I BROKED IT ALL

Tweak Actuators/Sensors code

Actuators stores an extra data point.
Actuators must be initialised to a value.
Replaced thresholds with a sanity function for sensors.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

fix some crap

Add pressure sensors

Untested on BBB

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

slight changes

Automatic commit of irc logs

Fix id bounds check for actuator + update graph code

I dunno, graph code seems to work... too tired to continue.

Merge pull request #58 from Callum-/master

Dilatometer test function

Finished test function

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Rename help/data file + fix the sidebar width

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

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Merge branch 'master' of github:szmoore/MCTX3420

Add dedicated page for graphing stuff

Needs work. Would probably make professional web developers cry.
Can plot things. Can set time ranges to plot. Can plot things vs other things.
Seems to work.

The Actuator data needs to include 2 points every time it changes so that the
fact that it is stepping discretely instead of linearly changing is apparent.

Also data to plot can probably be updated rather than recreated every time.
(Unless the variables to plot are changed).

Lastly, it would be good if things maintained their colours.

Someone *cough* should make the radio boxes and check boxes suitably stylish.

Remove old lock/release cases from control.c + hopefully silence warnings on 64 bit compilers for True_Stub

Those lock/release cases were a login loophole, woops...

=================================================================
control.c:61:11: warning: variable 'desired_mode' is used uninitialized whenever
      'if' condition is true [-Wsometimes-uninitialized]
        else if (!strcmp(action, "release")) {
                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
control.c:77:6: note: uninitialized use occurs here
        if (desired_mode == CONTROL_START) {
            ^~~~~~~~~~~~
control.c:61:7: note: remove the 'if' if its condition is always false
        else if (!strcmp(action, "release")) {
             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
control.c:38:2: note: variable 'desired_mode' is declared here
        ControlModes desired_mode;
        ^
====================================================================

Why, thank you clang :P

@brief, not @purpose

Minor formatting changes to justin's webpages.

Ah, the wonder that is netbeans :P

Okay, so notepad++ is pretty good to, and doesn't use 300mb of ram...

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Merge pull request #57 from justinjessada/master

Added data download page and help page (plus dummy files)

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Formatting changes

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Added data download page and help page (plus test files)

Help page is basically complete and just links to the wiki. Data
download page is kind of working, depends how/where we're actually going
to store experiment data. Folder of dummy files in "current" is just for
testing the download functionality.

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simple test function

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Refactor Actuators

Done fairly similar to Sensors now. Included the LED test and a new test that just writes to a file.
`tail -f` the file and change the control to see how Actuator_Loop automagically does its job.

New features / Notes:
 - ActuatorControl is a simple step increase (not just a single value) which Actuator_Loop automatically follows
   - That required very small changes :)
 - Control_Handler no longer checks for key (since that's passed as a cookie)
   - Will want to look at preventing different users from stopping an experiment in progress (by preventing them from logging in entirely?)
   - Will probably want to look at implementing "admin" and "regular" users, or at least providing the basis for it in the server
 - Can change sensor sampling rate through api
   - May want to look at implementing an "average over time period" to reduce the load on the client
     - eg: Sensor records at a sampling rate << 1s, but only records a DataPoint (average) every second
 - Actuators have a Sanity Check function; do something similar for Sensors?
   - Will want to look at safety stuff more carefully, since at the moment things just call "Fatal"
     - This should in turn call "Cleanup" which should in turn deinitialise any active Sensors/Actuators
     - Perhaps we need "Fatal" and "Reset" to give different return codes, and then ./run.sh will restart depending on the return code

Looking at getting values plotted against values (instead of time).
  - For each time stamp on the dependent variable, take the independent variable with time stamps between it and the next, then average
    - Seems reasonable, not sure whether to do in server or client though, will write something to test the algorithm first.

Things are getting there, but still a lot to do.

I just realised I temporarily uncommented security in fastcgi.c
... It's a good thing the system still hasn't been deployed, because I can't be bothered changing it back at the moment.

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Make Piped work better

Really, please never use Piped, I'm just having fun with it.

MAJOR refactoring of Sensors code

Will probably get in trouble for this...

Abstracted out the threaded sensor control logic from the actual initialisation/reading/cleanup of sensors.
Adding a new sensor to the program still isn't just a one line process, but it's a lot more general than before.

Added test sensors for the strain gauges, total CPU usage (because that seemed interesting)

Went a bit insane with power and added a "Piped" sensor type which lets people run external programs for the sensors :S
(As long as it prints doubles to stdout and is unbuffered it will work).

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image fix for bbb

Make it actually compile...

Whoops.

Um, the fatal error on the strain gauges occurs after a couple of seconds.
Need to think more carefully about that.

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ARGH

Add flot plot to styles

Apparently it's not needed, but whatever

Various changes

Bug fix in Sensor_CheckData (incorrect format ordering caused segfault if a bad value was found)
Added in UWA LDAP auth to parameters file (commented out)

Presumably someone else edited stream.c and didn't commit (Jeremy?)

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Merge pull request #56 from jtanx/master

update gui (update system diagram + header)

re-enable strain graph on control page

change sbd + header

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Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Add navigation menu

Merge pull request #55 from jtanx/master

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Update gui. Add modified version of Justin's system diagram

Merge pull request #54 from Callum-/master

Dilatometer

slight changes

Dilatometer stuff. Incomplete.

Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

*really* remove all refs to unused lut

Merge pull request #53 from jtanx/master

Bugfix for pin code

Bugfix for pin code and remove unused luts

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Prevent multiple additions of the same pin type

Update gui

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Merge branch 'master' of https://github.com/szmoore/MCTX3420.git

Add user friendly names (right now just usernames)

Merge pull request #52 from jtanx/master

Add working login to gui, add install scripts for server-configs

Fix login timeout bug & standardize FCGI_*Control functions

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Ensure control key is not empty before checking for equality.

Integrate gui login with server code

Auto-redirect if logged in (at login page). Auto-redirect if logged-out.

Add logout functionality

Add js behind login form

Restyle login page