thesis/thesis.log

   1 This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.10 (TeX Live 2009/Debian) (format=pdflatex 2012.8.19)  16 OCT 2012 17:08
   2 entering extended mode
   3  %&-line parsing enabled.
   4 **thesis
   5 (./thesis.tex
   6 LaTeX2e <2009/09/24>
   7 Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
   8 yphenation, loaded.
   9 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/report.cls
  10 Document Class: report 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
  11 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/size12.clo
  12 File: size12.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
  13 )
  14 \c@part=\count79
  15 \c@chapter=\count80
  16 \c@section=\count81
  17 \c@subsection=\count82
  18 \c@subsubsection=\count83
  19 \c@paragraph=\count84
  20 \c@subparagraph=\count85
  21 \c@figure=\count86
  22 \c@table=\count87
  23 \abovecaptionskip=\skip41
  24 \belowcaptionskip=\skip42
  25 \bibindent=\dimen102
  26 )
  27 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/setspace/setspace.sty
  28 Package: setspace 2000/12/01 6.7 Contributed and Supported LaTeX2e package
  29
  30 Package: `setspace' 6.7 <2000/12/01>
  31 ) (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/makeidx.sty
  32 Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
  33 )
  34 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphicx.sty
  35 Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  36
  37 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/keyval.sty
  38 Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
  39 \KV@toks@=\toks14
  40 )
  41 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphics.sty
  42 Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  43
  44 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/trig.sty
  45 Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
  46 )
  47 (/etc/texmf/tex/latex/config/graphics.cfg
  48 File: graphics.cfg 2009/08/28 v1.8 graphics configuration of TeX Live
  49 )
  50 Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
  51
  52 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
  53 File: pdftex.def 2010/03/12 v0.04p Graphics/color for pdfTeX
  54 \Gread@gobject=\count88
  55 ))
  56 \Gin@req@height=\dimen103
  57 \Gin@req@width=\dimen104
  58 )
  59 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption.sty
  60 Package: caption 2009/10/09 v3.1k Customizing captions (AR)
  61
  62 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption3.sty
  63 Package: caption3 2009/10/09 v3.1k caption3 kernel (AR)
  64 \captionmargin=\dimen105
  65 \captionmargin@=\dimen106
  66 \captionwidth=\dimen107
  67 \caption@indent=\dimen108
  68 \caption@parindent=\dimen109
  69 \caption@hangindent=\dimen110
  70 )
  71 \c@ContinuedFloat=\count89
  72 )
  73 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/rotating/rotating.sty
  74 Package: rotating 2009/03/28 v2.16a rotated objects in LaTeX
  75
  76 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/ifthen.sty
  77 Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
  78 )
  79 \c@r@tfl@t=\count90
  80 \rotFPtop=\skip43
  81 \rotFPbot=\skip44
  82 \rot@float@box=\box26
  83 \rot@mess@toks=\toks15
  84 )
  85 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/lscape.sty
  86 Package: lscape 2000/10/22 v3.01 Landscape Pages (DPC)
  87 )
  88 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/verbatim.sty
  89 Package: verbatim 2003/08/22 v1.5q LaTeX2e package for verbatim enhancements
  90 \every@verbatim=\toks16
  91 \verbatim@line=\toks17
  92 \verbatim@in@stream=\read1
  93 )
  94 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsmath.sty
  95 Package: amsmath 2000/07/18 v2.13 AMS math features
  96 \@mathmargin=\skip45
  97
  98 For additional information on amsmath, use the `?' option.
  99 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amstext.sty
 100 Package: amstext 2000/06/29 v2.01
 101
 102 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsgen.sty
 103 File: amsgen.sty 1999/11/30 v2.0
 104 \@emptytoks=\toks18
 105 \ex@=\dimen111
 106 ))
 107 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsbsy.sty
 108 Package: amsbsy 1999/11/29 v1.2d
 109 \pmbraise@=\dimen112
 110 )
 111 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsmath/amsopn.sty
 112 Package: amsopn 1999/12/14 v2.01 operator names
 113 )
 114 \inf@bad=\count91
 115 LaTeX Info: Redefining \frac on input line 211.
 116 \uproot@=\count92
 117 \leftroot@=\count93
 118 LaTeX Info: Redefining \overline on input line 307.
 119 \classnum@=\count94
 120 \DOTSCASE@=\count95
 121 LaTeX Info: Redefining \ldots on input line 379.
 122 LaTeX Info: Redefining \dots on input line 382.
 123 LaTeX Info: Redefining \cdots on input line 467.
 124 \Mathstrutbox@=\box27
 125 \strutbox@=\box28
 126 \big@size=\dimen113
 127 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OML on input line 567.
 128 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OMS on input line 568.
 129 \macc@depth=\count96
 130 \c@MaxMatrixCols=\count97
 131 \dotsspace@=\muskip10
 132 \c@parentequation=\count98
 133 \dspbrk@lvl=\count99
 134 \tag@help=\toks19
 135 \row@=\count100
 136 \column@=\count101
 137 \maxfields@=\count102
 138 \andhelp@=\toks20
 139 \eqnshift@=\dimen114
 140 \alignsep@=\dimen115
 141 \tagshift@=\dimen116
 142 \tagwidth@=\dimen117
 143 \totwidth@=\dimen118
 144 \lineht@=\dimen119
 145 \@envbody=\toks21
 146 \multlinegap=\skip46
 147 \multlinetaggap=\skip47
 148 \mathdisplay@stack=\toks22
 149 LaTeX Info: Redefining \[ on input line 2666.
 150 LaTeX Info: Redefining \] on input line 2667.
 151 )
 152 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amscls/amsthm.sty
 153 Package: amsthm 2004/08/06 v2.20
 154 \thm@style=\toks23
 155 \thm@bodyfont=\toks24
 156 \thm@headfont=\toks25
 157 \thm@notefont=\toks26
 158 \thm@headpunct=\toks27
 159 \thm@preskip=\skip48
 160 \thm@postskip=\skip49
 161 \thm@headsep=\skip50
 162 \dth@everypar=\toks28
 163 )
 164 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
 165 Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
 166
 167 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
 168 Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
 169 \symAMSa=\mathgroup4
 170 \symAMSb=\mathgroup5
 171 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
 172 (Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
 173 ))
 174 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/jknapltx/mathrsfs.sty
 175 Package: mathrsfs 1996/01/01 Math RSFS package v1.0 (jk)
 176 \symrsfs=\mathgroup6
 177 )
 178 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
 179 Package: hyperref 2009/10/09 v6.79a Hypertext links for LaTeX
 180
 181 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
 182 Package: ifpdf 2009/04/10 v2.0 Provides the ifpdf switch (HO)
 183 Package ifpdf Info: pdfTeX in pdf mode detected.
 184 )
 185 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
 186 Package: ifvtex 2008/11/04 v1.4 Switches for detecting VTeX and its modes (HO)
 187 Package ifvtex Info: VTeX not detected.
 188 )
 189 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
 190 Package: ifxetex 2009/01/23 v0.5 Provides ifxetex conditional
 191 )
 192 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/hycolor.sty
 193 Package: hycolor 2009/10/02 v1.5 Code for color options of hyperref/bookmark (H
 194 O)
 195
 196 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/xcolor-patch.sty
 197 Package: xcolor-patch 2009/10/02 xcolor patch
 198 ))
 199 \@linkdim=\dimen120
 200 \Hy@linkcounter=\count103
 201 \Hy@pagecounter=\count104
 202
 203 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
 204 File: pd1enc.def 2009/10/09 v6.79a Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
 205 )
 206 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/etexcmds.sty
 207 Package: etexcmds 2007/12/12 v1.2 Prefix for e-TeX command names (HO)
 208
 209 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
 210 Package: infwarerr 2007/09/09 v1.2 Providing info/warning/message (HO)
 211 )
 212 Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
 213 (etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
 214 (etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
 215 (etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
 216 )
 217 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/latexconfig/hyperref.cfg
 218 File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
 219 )
 220 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
 221 Package: kvoptions 2009/08/13 v3.4 Keyval support for LaTeX options (HO)
 222
 223 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/kvsetkeys.sty
 224 Package: kvsetkeys 2009/07/30 v1.5 Key value parser with default handler suppor
 225 t (HO)
 226 ))
 227 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 2975.
 228 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 2980.
 229 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 2983.
 230 Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 2990.
 231 Package hyperref Info: Backreferencing OFF on input line 2995.
 232
 233 Implicit mode ON; LaTeX internals redefined
 234 Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 3191.
 235 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/ltxmisc/url.sty
 236 \Urlmuskip=\muskip11
 237 Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
 238 )
 239 LaTeX Info: Redefining \url on input line 3428.
 240
 241 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/bitset.sty
 242 Package: bitset 2007/09/28 v1.0 Data type bit set (HO)
 243
 244 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/intcalc.sty
 245 Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable integer calculations (HO)
 246 )
 247 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/bigintcalc.sty
 248 Package: bigintcalc 2007/11/11 v1.1 Expandable big integer calculations (HO)
 249
 250 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/pdftexcmds.sty
 251 Package: pdftexcmds 2009/09/23 v0.6 LuaTeX support for pdfTeX utility functions
 252  (HO)
 253
 254 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ifluatex.sty
 255 Package: ifluatex 2009/04/17 v1.2 Provides the ifluatex switch (HO)
 256 Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
 257 )
 258 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/ltxcmds.sty
 259 Package: ltxcmds 2009/08/05 v1.0 Some LaTeX kernel commands for general use (HO
 260 )
 261 )
 262 Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
 263 Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
 264 Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
 265 )))
 266 \Fld@menulength=\count105
 267 \Field@Width=\dimen121
 268 \Fld@charsize=\dimen122
 269 \Field@toks=\toks29
 270 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4377.
 271 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4382.
 272 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4385.
 273 Package hyperref Info: backreferencing OFF on input line 4392.
 274 Package hyperref Info: Link coloring OFF on input line 4397.
 275 Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 4402.
 276 Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 4407.
 277
 278 (/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/oberdiek/atbegshi.sty
 279 Package: atbegshi 2008/07/31 v1.9 At begin shipout hook (HO)
 280 )
 281 \Hy@abspage=\count106
 282 \c@Item=\count107
 283 \c@Hfootnote=\count108
 284 )
 285 *hyperref using default driver hpdftex*
 286 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
 287 File: hpdftex.def 2009/10/09 v6.79a Hyperref driver for pdfTeX
 288 \Fld@listcount=\count109
 289 )
 290 \c@theorem=\count110
 291 \c@example=\count111
 292
 293 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/fancyhdr/fancyheadings.sty
 294 Package: fancyheadings 2008/02/04 1.99 Dummy package to call fancyhdr
 295
 296
 297 Package fancyheadings Warning: Please stop using fancyheadings!
 298 (fancyheadings)                Use fancyhdr instead.
 299 (fancyheadings)                We will call fancyhdr with the very same
 300 (fancyheadings)                options you passed to fancyheadings.
 301 (fancyheadings)
 302 (fancyheadings)                fancyhdr is 99 percent compatible with
 303 (fancyheadings)                fancyheadings. The only incompatibility is
 304 (fancyheadings)                that \headrulewidth and \footrulewidth and
 305 (fancyheadings)                their \plain... versions are no longer length
 306 (fancyheadings)                parameters, but normal macros (to be changed
 307 (fancyheadings)                with \renewcommand rather than \setlength)..
 308
 309 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
 310 \fancy@headwidth=\skip51
 311 \f@ncyO@elh=\skip52
 312 \f@ncyO@erh=\skip53
 313 \f@ncyO@olh=\skip54
 314 \f@ncyO@orh=\skip55
 315 \f@ncyO@elf=\skip56
 316 \f@ncyO@erf=\skip57
 317 \f@ncyO@olf=\skip58
 318 \f@ncyO@orf=\skip59
 319 ))
 320 No file thesis.aux.
 321 \openout1 = `thesis.aux'.
 322
 323 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 73.
 324 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 325 LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 73.
 326 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 327 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 73.
 328 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 329 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 73.
 330 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 331 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 73.
 332 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 333 LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 73.
 334 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 335 LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 73.
 336 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 73.
 337 (/usr/share/texmf-texlive/tex/context/base/supp-pdf.mkii
 338 [Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
 339 \scratchcounter=\count112
 340 \scratchdimen=\dimen123
 341 \scratchbox=\box29
 342 \nofMPsegments=\count113
 343 \nofMParguments=\count114
 344 \everyMPshowfont=\toks30
 345 \MPscratchCnt=\count115
 346 \MPscratchDim=\dimen124
 347 \MPnumerator=\count116
 348 \everyMPtoPDFconversion=\toks31
 349 )
 350 Package caption Info: Begin \AtBeginDocument code.
 351 Package caption Info: hyperref package is loaded.
 352 Package caption Info: rotating package is loaded.
 353 Package caption Info: End \AtBeginDocument code.
 354 Package hyperref Info: Link coloring OFF on input line 73.
 355  (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/hyperref/nameref.sty
 356 Package: nameref 2007/05/29 v2.31 Cross-referencing by name of section
 357
 358 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/oberdiek/refcount.sty
 359 Package: refcount 2008/08/11 v3.1 Data extraction from references (HO)
 360 )
 361 \c@section@level=\count117
 362 )
 363 LaTeX Info: Redefining \ref on input line 73.
 364 LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 73.
 365  (./thesis.out)
 366 (./thesis.out)
 367 \@outlinefile=\write3
 368 \openout3 = `thesis.out'.
 369
 370 \AtBeginShipoutBox=\box30
 371 \openout2 = `titlepage/Titlepage.aux'.
 372
 373  (./titlepage/Titlepage.tex
 374 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 8.
 375
 376 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
 377 File: umsa.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols A
 378 )
 379 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 8.
 380
 381 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
 382 File: umsb.fd 2009/06/22 v3.00 AMS symbols B
 383 )
 384 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+rsfs on input line 8.
 385
 386 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/jknapltx/ursfs.fd
 387 File: ursfs.fd 1998/03/24 rsfs font definition file (jk)
 388 ) [1
 389
 390
 391 {/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}])
 392 \openout2 = `acknowledgments/Acknowledgments.aux'.
 393
 394  (./acknowledgments/Acknowledgments.tex)pdfTeX warning (ext4): destination with
 395  the same identifier (name{page.1}) has been already used, duplicate ignored
 396 <to be read again>
 397                    \relax
 398 l.79 \include{acknowledgments/Acknowledgments}
 399                                                  % This is who you thank
 400 [1
 401
 402
 403
 404 ]
 405 \openout2 = `abstract/Abstract.aux'.
 406
 407  (./abstract/Abstract.texpdfTeX warning (ext4): destination with the same ident
 408 ifier (name{page.1}) has been already used, duplicate ignored
 409 <to be read again>
 410                    \relax
 411 l.3 \end{abstract}
 412                    [1
 413
 414
 415 ])
 416 \tf@toc=\write4
 417 \openout4 = `thesis.toc'.
 418
 419  [1
 420
 421
 422 ]
 423 \openout2 = `chapters/Introduction.aux'.
 424
 425  (./chapters/Introduction.tex
 426 Chapter 1.
 427
 428 LaTeX Warning: Citation `pfund1930' on page 1 undefined on input line 10.
 429
 430
 431 LaTeX Warning: Citation `pfund1933' on page 1 undefined on input line 10.
 432
 433
 434 LaTeX Warning: Citation `pfund1930' on page 1 undefined on input line 10.
 435
 436
 437 LaTeX Warning: Citation `pfund1933' on page 1 undefined on input line 10.
 438
 439
 440 LaTeX Warning: Citation `harris1948' on page 1 undefined on input line 10.
 441
 442
 443 LaTeX Warning: Citation `harris1952' on page 1 undefined on input line 10.
 444
 445
 446 LaTeX Warning: Citation `harris1953' on page 1 undefined on input line 10.
 447
 448
 449 LaTeX Warning: Citation `mckenzie2006' on page 1 undefined on input line 16.
 450
 451 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{page.1}) has
 452 been already used, duplicate ignored
 453 <to be read again>
 454                    \relax
 455 l.26 S
 456       ondergaard et al. have produced metallic-black surfaces capable of sup...
 457 [1
 458
 459
 460 ]
 461
 462 LaTeX Warning: Citation `sondergaard2012' on page 2 undefined on input line 26.
 463
 464
 465
 466 Overfull \hbox (0.64311pt too wide) in paragraph at lines 29--30
 467 []\OT1/cmr/m/n/12 This project will em-ploy sev-eral tech-niques, in-clud-ing:T
 468 otal Cur-rent Specroscopy;
 469  []
 470
 471 ) [2]
 472 \openout2 = `chapters/Theory.aux'.
 473
 474  (./chapters/Theory.tex
 475 Chapter 2.
 476 ) [3
 477
 478
 479
 480 ]
 481 \openout2 = `chapters/Techniques.aux'.
 482
 483  (./chapters/Techniques.tex
 484 Chapter 3.
 485
 486
 487 pdfTeX warning: pdflatex (file ./figures/tcs_simple.pdf): PDF inclusion: found
 488 PDF version <1.5>, but at most version <1.4> allowed
 489 <figures/tcs_simple.pdf, id=40, 448.18913pt x 266.13362pt>
 490 File: figures/tcs_simple.pdf Graphic file (type pdf)
 491
 492 <use figures/tcs_simple.pdf>
 493
 494 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 495 (caption)                particular \caption on input line 14.
 496 See the caption package documentation for explanation.
 497
 498
 499 LaTeX Warning: Reference `tcs_simple.pdf' on page 4 undefined on input line 18.
 500
 501
 502
 503 LaTeX Warning: Reference `' on page 4 undefined on input line 19.
 504
 505
 506 LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 4 undefined on input line 20.
 507
 508 [4
 509
 510
 511
 512  <./figures/tcs_simple.pdf>]
 513
 514 LaTeX Warning: Reference `' on page 5 undefined on input line 29.
 515
 516
 517 LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 5 undefined on input line 34.
 518
 519 [5]
 520
 521 LaTeX Warning: Citation `komolov' on page 6 undefined on input line 56.
 522
 523 [6]
 524
 525 pdfTeX warning: pdflatex (file /home/sam/Documents/University/honours/thesis/fi
 526 gures/ellipsometry_measurement.pdf): PDF inclusion: found PDF version <1.5>, bu
 527 t at most version <1.4> allowed
 528
 529 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measurement
 530 .pdf, id=85, 386.54878pt x 212.12474pt>
 531 File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measur
 532 ement.pdf Graphic file (type pdf)
 533
 534 <use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measure
 535 ment.pdf>
 536
 537 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 538 (caption)                particular \caption on input line 79.
 539 See the caption package documentation for explanation.
 540
 541
 542 LaTeX Warning: Reference `' on page 7 undefined on input line 83.
 543
 544 [7 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometry_measurem
 545 ent.pdf>]
 546
 547 LaTeX Warning: Citation `woolam2000' on page 8 undefined on input line 104.
 548
 549
 550 LaTeX Warning: Citation `oates2011' on page 8 undefined on input line 104.
 551
 552
 553 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png, id=103
 554 , 933.4875pt x 492.84125pt>
 555 File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png Gr
 556 aphic file (type png)
 557
 558 <use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png>
 559
 560 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 561 (caption)                particular \caption on input line 116.
 562 See the caption package documentation for explanation.
 563
 564
 565 Overfull \hbox (39.95128pt too wide) in paragraph at lines 112--116
 566  []
 567  []
 568
 569
 570 LaTeX Warning: Citation `woolam1999' on page 8 undefined on input line 116.
 571
 572
 573 LaTeX Warning: Citation `woolam1999' on page 8 undefined on input line 116.
 574
 575 ) [8 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/ellipsometer.png (P
 576 NG copy)>]
 577 \openout2 = `chapters/Results.aux'.
 578
 579  (./chapters/Results.tex
 580 Chapter 4.
 581
 582 LaTeX Warning: Reference `SEM_images' on page 9 undefined on input line 6.
 583
 584 ) [9
 585
 586
 587
 588 ]
 589 \openout2 = `chapters/Conclusion.aux'.
 590
 591  (./chapters/Conclusion.tex
 592 Chapter 5.
 593 ) [10
 594
 595
 596
 597 ]
 598 No file thesis.bbl.
 599 \openout2 = `appendices/electron_optics.aux'.
 600
 601 (./appendices/electron_optics.tex
 602
 603 LaTeX Warning: Reference `egun_simulation1.pdf' on page 11 undefined on input l
 604 ine 6.
 605
 606 [11
 607
 608
 609
 610 ]
 611
 612 LaTeX Warning: Reference `tcs_theory1' on page 12 undefined on input line 35.
 613
 614 [12]
 615
 616 Package hyperref Warning: Difference (2) between bookmark levels is greater
 617 (hyperref)                than one, level fixed on input line 42.
 618
 619
 620 LaTeX Warning: Reference `egun_simulation1.pdf' on page 13 undefined on input l
 621 ine 44.
 622
 623
 624 LaTeX Warning: Reference `egun_simulation2.pdf' on page 13 undefined on input l
 625 ine 44.
 626
 627
 628 LaTeX Warning: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/egun
 629 _simulation1.pdf' not found on input line 47.
 630
 631
 632 ! Package pdftex.def Error: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis
 633 /figures/egun_simulation1.pdf' not found.
 634
 635 See the pdftex.def package documentation for explanation.
 636 Type  H <return>  for immediate help.
 637  ...
 638
 639 l.47 ...nours/thesis/figures/egun_simulation1.pdf}
 640
 641 ?
 642
 643 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 644 (caption)                particular \caption on input line 49.
 645 See the caption package documentation for explanation.
 646
 647
 648 LaTeX Warning: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/egun
 649 _simulation2.pdf' not found on input line 51.
 650
 651
 652 ! Package pdftex.def Error: File `/home/sam/Documents/University/honours/thesis
 653 /figures/egun_simulation2.pdf' not found.
 654
 655 See the pdftex.def package documentation for explanation.
 656 Type  H <return>  for immediate help.
 657  ...
 658
 659 l.51 ...nours/thesis/figures/egun_simulation2.pdf}
 660
 661 ?
 662
 663 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 664 (caption)                particular \caption on input line 52.
 665 See the caption package documentation for explanation.
 666
 667 [13])
 668 \openout2 = `appendices/electron_gun_circuit.aux'.
 669
 670  (./appendices/electron_gun_circuit.tex
 671
 672 LaTeX Warning: Reference `electron_gun.pdf' on page 14 undefined on input line
 673 4.
 674
 675 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMS+cmr on input line 7.
 676 (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/omscmr.fd
 677 File: omscmr.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
 678 )
 679 LaTeX Font Info:    Font shape `OMS/cmr/m/n' in size <12> not available
 680 (Font)              Font shape `OMS/cmsy/m/n' tried instead on input line 7.
 681
 682
 683 LaTeX Warning: Reference `tcs_theory1' on page 14 undefined on input line 13.
 684
 685
 686 LaTeX Warning: Reference `' on page 14 undefined on input line 14.
 687
 688 [14
 689
 690
 691
 692 ]
 693
 694 LaTeX Warning: Reference `tcs' on page 15 undefined on input line 32.
 695
 696
 697 LaTeX Warning: Reference `' on page 15 undefined on input line 32.
 698
 699 [15]
 700
 701 pdfTeX warning: pdflatex (file /home/sam/Documents/University/honours/thesis/fi
 702 gures/electron_gun.pdf): PDF inclusion: found PDF version <1.5>, but at most ve
 703 rsion <1.4> allowed
 704
 705 </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf, id=159
 706 , 673.05371pt x 509.27765pt>
 707 File: /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf Gr
 708 aphic file (type pdf)
 709
 710 <use /home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf>
 711
 712 Package caption Warning: The option `hypcap=true' will be ignored for this
 713 (caption)                particular \caption on input line 44.
 714 See the caption package documentation for explanation.
 715
 716 [16
 717
 718  </home/sam/Documents/University/honours/thesis/figures/electron_gun.pdf>]
 719 [17]) (./thesis.aux (./titlepage/Titlepage.aux)
 720 (./acknowledgments/Acknowledgments.aux) (./abstract/Abstract.aux)
 721 (./chapters/Introduction.aux) (./chapters/Theory.aux)
 722 (./chapters/Techniques.aux) (./chapters/Results.aux) (./chapters/Conclusion.aux
 723 ) (./appendices/electron_optics.aux) (./appendices/electron_gun_circuit.aux))
 724
 725 LaTeX Warning: There were undefined references.
 726
 727
 728 LaTeX Warning: Label(s) may have changed. Rerun to get cross-references right.
 729
 730  )
 731 Here is how much of TeX's memory you used:
 732  6552 strings out of 495061
 733  95842 string characters out of 1182621
 734  169079 words of memory out of 3000000
 735  9489 multiletter control sequences out of 15000+50000
 736  18441 words of font info for 72 fonts, out of 3000000 for 9000
 737  28 hyphenation exceptions out of 8191
 738  38i,14n,45p,686b,465s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
 739 </usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbx10.pfb></usr/sha
 740 re/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbx12.pfb></usr/share/texmf-te
 741 xlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmex10.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts
 742 /type1/public/amsfonts/cm/cmmi12.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/publ
 743 ic/amsfonts/cm/cmmi6.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/
 744 cm/cmmi8.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmib10.p
 745 fb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb></usr/sha
 746 re/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr12.pfb></usr/share/texmf-tex
 747 live/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr17.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/t
 748 ype1/public/amsfonts/cm/cmr6.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/a
 749 msfonts/cm/cmr7.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cm
 750 r8.pfb></usr/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></us
 751 r/share/texmf-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy8.pfb></usr/share/texm
 752 f-texlive/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmti12.pfb></usr/share/texmf-texlive/f
 753 onts/type1/public/amsfonts/cm/cmtt12.pfb>
 754 Output written on thesis.pdf (21 pages, 317169 bytes).
 755 PDF statistics:
 756  244 PDF objects out of 1000 (max. 8388607)
 757  52 named destinations out of 1000 (max. 500000)
 758  21 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
 759